La basilica di San Nicola è presente nel cuore della città vecchia di Bari ed è uno dei più chiari esempi di architettura del romanico pugliese. Fu costruita in stile romanico tra il 1089 e il 1197, durante la dominazione normanna. L'edificazione della basilica è legata alle reliquie di san Nicola, traslate da sessantadue marinai baresi dalla città di Myra, in Licia, e giunte a Bari il 9 maggio 1087.

Le reliquie vennero ospitate provvisoriamente presso il monastero di san Benedetto retto dall'abate Elia, il quale promosse subito l'edificazione di una nuova grande chiesa per ospitarle; i lavori furono avviati a luglio dello stesso anno e il1º ottobre 1089 le reliquie furono trasferite nella cripta della basilica da papa Urbano II giunto appositamente a Bari.

Ad ottobre del 1098 nella cripta della basilica ancora in costruzione si tenne il II Concilio di Bari, convocato dallo stesso Urbano II, al quale presero parte circa 185 arcivescovi, vescovi ed abati.

La costruzione della basilica si concluse nel 1197.

I lavori di costruzione furono seguiti dall’abate Elia e dal suo successore Eustazio. L’abate Elia morì però nel 1105 prima che la basilica fosse completata è fu sepolto nella stessa basilica dove riposano anche alcuni marinai, autori della traslazione.

 Protetta da una grata di ferro, è visibile la colonna detta “miracolosa” che, secondo la leggenda, fu trovata nel Tevere da San Nicola e portata a Myra per decorare la sua chiesa, fu ritrovata a Bari nel 1098 come ultima colonna ancora mancante alla costruzione.

La basilica ha anche una Sala del Tesoro che conserva prestigiosi doni votivi come quelli di re Carlo II d’Angiò (1304) e l’icona dello zar di Serbia Urosio III (1327). Il cosiddetto Tesoro di San Nicola è costituito da dipinti, bottiglie della santa manna (il liquido che si forma nella tomba del Santo), icone e lampade russe e altri numerosi pezzi.  

Il 26 febbraio 1984, Giovanni Paolo II sostò presso la tomba di San Nicola e venerò le sue ossa; qui riaccese la lampada uniflamma, segno del camminare insieme delle Chiese di Oriente e di Occidente verso la piena comunione. La lampada uniflamma che arde accanto all’altare del Santo, è un segno molto forte della vocazione ecumenica di Bari e della Basilica come punto d’incontro tra Oriente ed Occidente.

Infine l’8 maggio 1989 Giovanni Paolo II diede un nuovo assetto canonico alla Basilica con una terza Bolla; riconfermò l’affidamento all’Ordine dei Frati Predicatori, sotto la diretta tutela della Commissione Cardinalizia per i Pontifici Santuari di Pompei, Loreto e Bari. Attualmente, la Basilica dipende dalla Segreteria di Stato, sezione Affari Generali e Delegato Pontificio è l’Arcivescovo pro-tempore di Bari-Bitonto.